Πριν από 142 χρόνια, αρχικά στην πόλη Ρούσε, ιδρύθηκε η Ναυτική Σχολή της Βουλγαρίας (μετέπειτα Ναυτική Ακαδημία)
Μεταξύ των αποφ΄οίτων της ήταν και ο γνωστός βούλγαρος ποιητής Νικόλα Βαπτσάροβ, του οποίου το όνομα δόθηκε στο Εκπαιδευτικό Ίδρυμα το 1949.
Το 2022 έλαβε εκ νέου πιστοποίηση για την επόμενη πενταετία ως ένας θεσμός με υψηλής ποιότητας ναυτική εκπαίδευση από το υπουργείο Μεταφορών της Ιαπωνίας. Η αναγνώριση αυτή δίνει στους απόφοιτους της Ακαδημίας τη δυνατότητα να ταξιδεύσουν με πλοία υπό ιαπωνική σημαία χωρίς να πρέπει να δώσουν πρόσθετες εξετάσεις.
Φέτος αναμένεται να αποφοιτήσει η πρώτη τάξη των στρατιωτικών γιατρών, που σπουδάζουν από κοινού σε τρία πανεπιστήμια — τη Ναυτική Σχολή, το Ιατρικό Πανεπιστήμιο της Βάρνας και τη Στρατιωτική Ιατρική Ακαδημία της Σόφιας.